A la fase final de la Copa de España 2006-2007 acudirán un total de doce equipos en representación de los trece grupos que componen la Liga Nacional Juvenil. Previamente, los dos campeones canarios se enfrentan a doble partido para obtener un billete para la fase final.

La competición queda dividida en cuatro grupos de tres equipos cada uno que se enfrentan en una liguilla a partido único. Los cuatro campeones de cada grupo pasan a semifinales, en las cuales los ganadores tendrán derecho a disputar la gran final de la Copa de España de Clubes Juvenil.